Zotero安装与配置

发表于 2021-07-30 更新于 2024-07-21 分类于器，文献管理阅读次数： Waline：本文字数： 5.2k 阅读时长 ≈ 17 分钟

我的配置

浏览器插件

当Zotero.app打开时，可以在浏览器中添加条目到zotero，使用方法详见

Safari<=12: 安装Zotero Connector: 点工具- 安装浏览器插件，弹出网页点install

Safari>=13: beta版Zotero Connector

同步

本段参考 zotero跨平台使用教程：多种同步方案编写

概念解释

条目的附件

Zotero 附件类型包括

文件附件

图标为系统默认图标或者 adobe 红
是 Zotero 默认的附件格式。当从finder拖拽文件至条目上，则复制文件副本创建文件附件。也可选择条目-右键-附件-添加文件副本创建
存放在<数据存储位置>/storage/<8位数字和字母编码>/

链接附件

图标为白色加小铁链
可选择条目-右键-附件-添加文件链接，或由 ZotFile 生成
实际保存在<链接附件的根目录>下

url附件

图标为蓝色加小铁链
可选择条目-右键-附件-添加url链接创建
实际为文件的网址，联网时才能打开
保存在<数据存储位置>/zotero.sqlite

因此，本地只保存有文件与文件链接类型的附件。

存储目录

<数据存储位置>/ ：默认是~/Zotero

<数据存储位置>/zotero.sqlite 文件

包含分类层级，条目的元数据、标签、分类等， 文件附件的8位编码、链接附件的路径、url附件的url、笔记等
只能用zotero官方服务来同步，采用第三方云盘同步会造成冲突

<数据存储位置>/storage/

其下均为名为 8位数字和字母的编码的子文件夹，子文件夹内是一个文件附件的所有组成文件

组成文件：如pdf型文件附件，则是一个pdf文件；网页快照型文件附件，则是构成网页的所有文件
此文件夹可采用第三方云盘同步

<链接附件的根目录>/

包含链接附件·，可以自由组织其目录结构
此文件夹可采用第三方云盘同步

同步方式

从附件类型上来看，Zotero 实现同步的方式不外乎两类：

同步文件附件，包括：
- Zotero 官网同步服务：同步zotero.sqlite和<数据存储位置>/storage/ ，免费限300MB
- Webdav 同步
- 软链接配合同步盘
同步链接附件，包括：
- ZotFile 配合同步盘

两类方法使用上的优劣：

同步文件附件：
- 劣势：路径自定义程度低，<数据存储位置>/storage或软链接内8位数字和字母组成的子目录，不可读
- 优势：删除条目，附件随之删除
同步链接附件 (特指由 ZotFile 生成)
- 优势：路径自定义程度高、可读，便于在ipad上进入目录，用任意第三方标注软件阅读、批注文件
- 劣势：删除条目，附件不会随之删除，链接附件的根目录概念略费解。

我的同步设置

同步策略

附件类型	同步方法	依赖	支持平台	工作方式
单文件的附件(如pdf)	同步`链接附件`	ZotFile 插件 + Dropbox	mac、win、Linux、iPad、iOS、android	在iPad上用任意软件阅读批注pdf
多文件的附件(如网页快照)	同步`文件附件`	Dropbox	mac、win、Linux	在电脑上阅读

同步到ipad的其他解决方案：papership+Webdav

设置方法

设置软连接

mkdir /Users/mac/Dropbox/Zotero_sync/
# 创建 <链接附件目录> 为 Zotero_sync/linked_files
mkdir /Users/mac/Dropbox/Zotero_sync/linked_files
# <数据存储位置>/storage  移动并链接到   Zotero_sync/storage
cd <数据存储位置>
mv storage /Users/mac/Dropbox/Zotero_sync/storage
ln -s /Users/mac/Dropbox/Zotero_sync/storage storage

设置zotero存储目录

勾选首选项-高级-文件和文件夹`，填入以下两路径
设置zotero官方同步

购买服务后，勾选首选项-同步-设置，设置成如下
安装zotfile

在zotfile的github下载最新的zotfile-x.x.x--fx.xpi, 下载后在 Zotero 中打开工具→插件，按右上角齿轮选择Install Add-on Form Fil，选中刚刚下载的 zotfile-x.x.x-fx.xpi
设置zotfile存储目录

工具-Zotfile Preference-General Settings

其中自定义附件所在子文件夹：写/%c/{ %t}{-%y}{-%a}，意为：

条目<subfolder1>/<subfolder2>/.../<subfoldern>/<item> 的链接附件存放在自定义目录=

<链接附件根目录>/<subfolder1>/<subfolder2>/.../<subfoldern>/<item的标题>-<年份>-<作者>/ (若年份、作者没有则略去)
设置用zotfile同步的文件格式

工具-Zotfile Preference-Advanced Settings，填写下栏文件格式
zotfile关闭重命名

效果：此设置后，用zotfile重命名附件时，附件文件的文件名不会改，仅移动它到上述自定义目录中

好处：当条目有多个附件文件时（如正文.pdf, 翻译.pdf)，不会被zotfile自动重命名成 <item的标题>-<年份>-<作者>n.pdf (n=‘',2,3,4…)

勾选首选项→高级→常规，点设置编辑器

查找extensions.zotfile.disable_renaming，值改成true

移动附件

测试：完成上述配置后，先选中任意一个有pdf附件的条目，点右键-Manage Attachments-Rename Attachments，看看在自定义目录有无该附件、文件名是否未被改动，在zotero里点击该附件看看能否用pdf浏览器打开。若测试成功，则进行下一步。
移动所有附件到自定义目录：我的文库-⌘A 全选条目，点右键-Manage Attachments-Rename Attachments。

ipad阅读工作流程

手动选择待读文件

新建分类“待读”
选中待读条目，拖拽到“待读”，以使“待读”中也添加此条目
选刚才的条目，右键-Manage Attachments-Rename Attachments，弹出对话框问选择哪个分类作为自定义路径，选“待读”
在iPad上打开Dropbox/Zotero_sync/linked_files/待读/<item>/附件名，开始批注；亦可同时用mac来批注
当此文件读完，进入“待读”，选择此条目，右键-Manage Attachments-Rename Attachments，弹出对话框问选择哪个分类作为自定义路径，皆不选“待读”；然后选择此条目，右键-从分类中移除条目

优点：可以避免下述tablet的两个缺点

其他方案：Zotfile - Tablet

配置：工具-Zotfile Preference-Tablet Settings, 填写如下

ScreenShot 2019-12-10 14.07.24

使用：

选中待读的条目或附件，右键-Manage Attachments-Send To Tablet

作用：在Dropbox/Zotero_sync/tablet/ 下会添加此条目或附件，zotero的左栏中Tablet Files也会添加它
在iPad上从Dropbox点开此文件，阅读批注之。当批注后，左栏中Tablet Files (modified)也会添加它。
在左栏中Tablet Files (modified)选中批注完的文件，右键-Manage Attachments-Get To Tablet

作用：从Dropbox/Zotero_sync/tablet/移动附件到文库中相应条目，覆盖原附件， Tablet Files、Tablet Files (modified)中删除它

缺点：

如果同时修改了tablet中的附件（用iPad）和文库中对应的附件（用电脑），则get from tablet时会冲突，无法自动merge修改
get from tablet 后 <tablet>目录下会留下空的子文件夹

全文搜索

Zotero可以搜索pdf中的英文，但不支持pdf中的中文

搜索栏输入“搜索内容”，表示严格匹配；搜索内容 表示非严格匹配

设置默认阅读器

在zotero的设置-常规-Reader里，把打开pdf使用设置为系统默认或自定义，这样双击条目/pdf附件时，就能用选中的阅读器打开。

iShot_2024-06-11_15.09.51

Zotero自带的pdf阅览器

pdf注释

参考：zotero官方说明：Why does Zotero store PDF annotations in its database instead of in the PDF file?

两种pdf注释

内嵌注释：由非zotero的pdf阅读器（如mac自带的Preview.app）添加，内嵌在pdf文件内，用非zotero的pdf阅读器和zotero的pdf阅读器打开都可以看见注释。在zotero的pdf阅读器内，内嵌注释在左侧栏中带有🔒标记。
分离注释：Zotero>=6.0增加了内置PDF阅读，同时实现了注释（annotation）和附件（如pdf文件）分离，注释存储在 Zotero 数据库、而非 PDF 文件内部，用非zotero的pdf阅读器打开附件是看不到注释，只有用pdf阅读器打开都才能看见注释。在zotero的pdf阅读器内，内嵌注释在左侧栏中不带有🔒标记。

转换两种注释的方式

分离注释存储在本地 Zotero 的开放 SQLite 数据库，可使用标准开源工具提取， Zotero 内的插件和外部工具也可以通过 Zotero Web API 访问它们

在zotero的pdf阅读器内转换

在zotero的pdf阅读器打开附件（pdf文件）后，执行下图操作。

内嵌注释转换为分离注释

在转换后，条目附件（pdf文件）将失去内嵌注释，用非zotero的pdf阅读器打开看不见注释，用zotero的pdf阅读器打开能看见附件，且🔒标记消失。

分离注释转换为内嵌注释

点文件-另存为，即可在自己指定的目录另存一个内嵌注释的pdf文件；而非就地改写条目附件（pdf文件），使其注释都变成内嵌注释。

批量导出带注释的pdf

参考

选中需要导出的PDF的条目（可以批量选择），右键选择导出条目。

或在zotero内的条目分组浏览器中，选中一个分组（只能选中一个），然后点“导出分类”。

（2）勾选导出文件以及包括注释选项，点击右下角的OK按钮。

（3）输入要保存的名字，以及需要导出的位置，点击Save导出。

（4）然后打开文件夹，点击file文件。

（5）继续点击里边的子文件（如果批量导出的话，子文件有多个)。

（6）然后就能够看到导出的PDF文件了，用非zotero的pdf阅读器打开也能够看见在Zotero里的注释了。

但是，导出分组后的文件夹，将失去分组层级结构，变成下面这个样子：

<分组名称>/
    <分组名称>.rdf
    files/
        <四位数字编码>/一个内嵌了注释的pdf附件 或 一个html附件
        <四位数字编码>/一个内嵌了注释的pdf附件 或 一个html附件
        <四位数字编码>/...

因此，用这种方法导出批注，不便于迁移。建议设置默认pdf阅读器为非zotero的pdf阅读器。

将注释保存到附件（pdf文件）

使用Zotero阅读器内自带的转换功能

在文献库中打开文件，右键，点show in folder，

用zotero的pdf阅读器打开附件（pdf文件），点文件-另存为，会弹出一个文件浏览器选框，把前面Folder中的附件（pdf）拖入，即导出文件到附件的路径和名字，点Save，就能让附件（pdf文件）中的注释都变成内嵌注释。

zotero IF插件

说明：截止2024-6-11，Zotero IF插件对于Zotero7.0还没有开发存储注释至PDF功能，参见。

参考

（1）下载并在Zotero里安装好Zotero IF插件。

（2）打开一篇文献，点击工具，选择存储注释至PDF。

（3）点击OK。

（4）回到首页选择刚才打开的文献，右键选择打开文件位置。

（5）可以发现注释已经存进了PDF中。

参考资料

各种文献管理软件使用教程

zotero使用教程

[#分离注释转换为内嵌注释]:
[# 分离注释转换为内嵌注释]: